2000-01赛季，拜仁直到最后一轮联赛才确定德甲三连冠。 当时，在上一轮联赛中，由对手汉堡足球俱乐部前锋谢尔盖·巴巴雷茨在比赛第90分钟攻入一球。 在冠军即将落后球门的不利局面下，帕特里克·安德森补时末段禁区内间接任意球与汉堡扳平，最后时刻夺得德甲冠军。 不久之后，拜仁在欧洲冠军杯决赛中点球击败瓦伦西亚足球俱乐部，时隔25年再次捧起欧洲冠军杯。 2001-02赛季初，拜仁夺得丰田杯冠军，但此后球队在其他赛事中表现平平。
2002-03赛季如果德甲没有拜仁，拜仁夺得队史第四次联赛和德国杯双冠王，领先第二名26分，创造德甲历史。 希斯菲尔德的王朝于2004年结束，当时拜仁表现令人失望，在德国杯中与乙级球队亚琛队陷入僵局。 菲利克斯·马加特接任主帅，带领拜仁两次夺得联赛和德国杯双冠王。 2005-06赛季初，拜仁的主场从原来的奥林匹克体育场迁至新的安联球场。 新体育场还与同城竞争对手慕尼黑 1860 足球俱乐部共同拥有。 2006-07赛季拜仁表现并不稳定，联赛表现不佳，在德国杯又输给亚琛。 冬歇期后不久，马加特也辞去了教练职务。
奥特玛·希斯菲尔德于 2007 年 1 月重返球队。
拜仁慕尼黑 但拜仁在2006-07赛季只获得第四名，十年来首次无缘欧冠，在其他方面也一无所获。 2007-08赛季开始前，拜仁对球队阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。 球队总共签下了8名球员，出售、解雇或租借了9名球员。 其中最重要的引援是来自佛罗伦萨的卢卡·托尼、云达不莱梅足球俱乐部的米罗斯拉夫·克洛泽和来自马赛的弗兰克·里贝里。 新加盟的球员得到了回报，他们卫冕了 2008 年的双冠王，并且从一开始就保持着联赛的领先地位。
2008年1月11日，克林斯曼作为希斯菲尔德的接班人与拜仁慕尼黑签约。 他自2008年7月1日起执掌球队。2008-09赛季拜仁开局不利，前6轮只赢了2场，但此后稳步提升。 德国杯四分之一决赛拜仁不敌勒沃库森； 在欧洲冠军杯上，拜仁还以总比分12-1击败里斯本竞技如果德甲没有拜仁，创下欧冠淘汰赛最悬殊纪录。 5-1 被淘汰。 4月27日，在主场输给沙尔克04，联赛排名跌至第三名后，克林斯曼被迫下课。 接替他的是经验丰富的教练尤普·海因克斯。 他的任期一直持续到赛季结束。
球队最终获得联赛第二名，顺利晋级下赛季欧冠联赛。 2009-10赛季，拜仁聘请了荷兰籍主帅范加尔。 并从皇马引进了荷兰人小飞侠罗本。 2009-10赛季如果德甲没有拜仁，拜仁虽然开局不佳，但在上半场后段状态明显好转，最终在冬歇期获得第三名。 第33周联赛，拜仁3-1击败波鸿，提前一周夺得联赛冠军。 当赛季欧冠，拜仁小组赛获得第二名，淘汰赛淘汰佛罗伦萨、曼联、里昂，决赛遭遇国米。 最终，他们0:2负于国际米兰，获得亚军。 本赛季拜仁也志在夺得德国杯冠军。 焕然一新的拜仁本赛季无缘三冠王。 2011-2012赛季欧洲冠军联赛，拜仁慕尼黑主场迎战切尔西。 激战120分钟，最终以1：1战平。 他们只能进入残酷的点球大战。 最终他们以总比分4：5（点球3：4）落败，夺得欧冠冠军。 获得2011-2012赛季欧洲冠军联赛亚军。
